闭经的分类方法有多种，一般可以从生理的或是病理的角度来分类;也可从性腺调节轴病变的部位做分类;还可根据卵巢功能减退的程度进行分类等。
一、根据生理或病理性作分类
1.生理性闭经。可以出现在青春期、围绝经期、绝经后期，也可出现在妊娠期或哺乳期。
2.病理性闭经。在排除了生理性因素后，确认有闭经时，又可分成真性闭经及假性闭经。后者实际上每月均有内分泌的周期性变化，但是由于如处女膜闭锁、阴道横隔或殴道、宫颈管闭锁导致经血不能外流，积聚在阴道或宫腔内，造成不来月经的假象。
二、根据有无下丘脑—垂体—卵巢子宫轴的病变分类，自下而上如：
1.解剖原因。主要指存在解剖上的病变，如子宫内膜破坏、生殖道畸形等引起闭经。
2.原发性卵巢功能衰竭。如遗传缺陷造成性腺发育不全，最典型的是病人染色体的核型为45，XO，缺失一条X染色体的特纳氏综合征，又有因免疫系统失调，或促性腺激素受体异常引起的卵巢早衰。
3.慢性无排卵。这是因为下丘脑—垂体的缺陷造成促性腺激素异常，或促黄体生成激素及促卵泡成熟激素比例失调导致不规则或持续的无排卵，引起闭经。
三、根据卵巢功能减退的程度分类
1.I度闭经。卵巢还能分泌一定量的雌激素，但是不能产生成熟卵泡并排卵，子宫内膜没有孕激素的转化作用，不能形成分泌状态也不会脱落，造成闭经。一旦给予外源性孕激素后，就可形成撤退性出血，也即月经来潮。
2.11度闭经。单独补充孕激素不会出现月经，只有同时补充足量雌激素及孕激素才会有撤退性出血，甚至依然闭经，表示卵巢功能有较重减退。
四、根据引起闭经的部位分类
1.子宫性闭经。因先天、创伤、感染等造成子宫内膜的病变引起闭经，而其他性调节轴功能是正常的。
2.卵巢性闭经。造成闭经的原因在于卵巢，包括先天性、创伤性卵巢早衰等，子宫及上级中枢功能是正常的。
3.垂体性闭经。引起闭经的原因在垂体，如垂体肿瘤、产后大出血导致垂体坏死的席汉氏综合征等。
4.下丘脑闭经。因下丘脑功能失调引起的闭经，如脑肿瘤、神经性厌食症、运动过度、过分消瘦等。
